一切法門都是斷煩惱、開智慧的方法，都是為了轉眾生迷妄的意識成為佛的智慧。
但煩惱真能轉化成智慧嗎？先來看一些轉識成智的例子。
佛陀是完全開悟的覺者，淨除了一切煩惱，具足了圓滿的智慧；或以菩薩為例，菩薩在登地以後，亦能依其高深的覺悟和定力，轉煩惱成為般若智慧；此外，當一個人的修持達到四瑜伽的第二階段—離戲瑜伽時，也能夠淨除諸煩惱毒而發出智慧，由這些聖者的成就可知，轉識成智是絕對可能的，而這些成就者正是我們最好的榜樣，因為我們還是凡夫，無法即刻將煩惱轉化成為智慧，而籍著傚法佛菩薩的行徑，便必定能逐漸達到開悟的境界。
然而要轉煩惱成為智慧，首先必須認清煩惱是什麼，這就好比要懲罰小偷，就得先要捉到人才行一樣，如果人都提不到，那根本談不上懲罰了，同樣的道理，沒有認清煩惱是什麼，也就無法對症下藥而將它轉化成智慧了。
煩惱是很奇怪的，如果你完全放縱它，絲毫不加以約束的話，那它會變得強大無比而無法控制，但如果你願意修持佛法予以對治的話，這些煩惱就會變得不實在，一點威力也沒有了，所以煩惱有沒有威力，完全決定在我們有沒有修行。
眾生都正受著種種的苦難、爭鬥與不和，然而痛苦的根源，就是對煩惱的放縱，煩惱毒能使國家社會產生仇恨與不祥和的氣氛，但若我們能修持對治的法門，煩惱便失去影響力了，因為它們根本是不實在的，煩惱不但不實在，更不是永遠不變的，它們是可以被改變的，只要我們能修持適當的法門，就能改變它，減弱它的威力，此外，經由修行，我們不但能將自己的煩惱轉化成為智慧而得解脫，並且還能將這種種的方法分享給別人，就像諸佛上師傳授三乘佛法給我們一樣，使別人也能轉煩惱成智慧，解脫輪迴。
大致上來說，煩惱有五種，稱為五毒，分別是：貪、嗔、癡、慢、嫉，當然事實上還能分得更細，這五種不過是最普遍、最常被提及的，導致眾生受盡各種苦難的，就是這五毒煩惱，這些煩惱甚至會給國家帶來苦難，有時連其他的國家也會跟著遭受不幸，最好的例子就是歷史上那些數不清的大小戰爭，所以五毒煩惱是很危險的，它們能為害的範圍大到整個世界，並不只是小小的一個家庭或個人而已，此外，眾生墮入輪迴，亦是因為這些煩惱所致，五毒煩惱對我們的影響並非僅是一點點而已，其影響已是無窮無量的累積，所以我們常說從「無始」以來，亦就是這個原因，由於五毒煩惱，我們累積了無量的惡業和習氣，故始終在輪迴中不斷的受生。
五毒煩惱的生起是需要外緣的，它不是憑空出現的，煩惱必須在各種因緣條件配合之下才會生起，這些外緣包括五大和五蘊。
五大為地、水、火、風、空。無論體內體外，都有五大的存在，就體內而言，任何堅硬、固體的物質屬於地大，而體內水份和濕氣屬水大，體溫的屬人大，呼吸氣息屬風大，而體內的空間則屬空大。
在五蘊方面：任何有形像、有形體的東西皆為色蘊，而感覺四周環境的知覺為受蘊，分別敵友、好壞和善惡的為想蘊，對自己認為是好的事物產生貪著，對壞的產生排斥，甚至加以摧毀的是行蘊，覺知前四蘊之存在的是為識蘊。
談到防止五毒煩惱的方法，以小乘來說，小乘的觀念是以遠離五毒的方式來防止煩惱的生起，也就是遠離產生煩惱的原因。根據小乘的觀念，所有引起我們產生五毒的緣，都被視為疾病，小乘行者十分謹慎地避免和病源接近，以防疾病的傳染，而如果自己已染有「疾病」的話，他們也會加以防護，以免將疾病傳染給別人，總之，小乘主要就是遠離產生煩惱的所有因素。
大乘的觀念則是將煩惱產生的因轉化成智慧，而在密宗的觀念裡，一切導致煩惱的情況或因素，甚至連煩惱的本身，都被用來作為獲致開悟的途徑。
大乘的修行人，都為利益一切有情而付出了極大的心力，他們一刻也不會忘記要幫助眾生得離苦，令眾生成佛，這種利益眾生的心願是修行人應常謹記在心的，修行人就好像一個立志行醫濟世的人一樣，立志行醫的人明白自己的目標，是要救護那些生病受苦的人，因此當他完成醫學的學業時，便會從事利益病人的工作，反之若一個學醫多年的人，一旦見到病人卻逃之夭夭，那他所有的知識便沒有多大的用處了，所以修行人要心懷眾生，使修行的成就能發揮作用，這樣才稱得上是大乘的行者。
就一個明瞭修行之法，並生起堅定信念要救度眾生的大乘行者而言，當他快樂的時候，並不會把眾生遺忘，他會祈禱一切眾生都能和他一樣快樂、一樣免於任何苦難，這即是大乘菩薩道的轉識成智之法，處於快樂舒適的狀況時，若仍能心繫眾生，為眾生祈福，自然就能轉化心中對喜樂的貪執，並能克服自私的心。
身為一個眾生，即使是大乘的修行人，也仍然會遭受諸種的逆境、疾病與苦難，但是依照大乘菩薩道的觀念，逆境不會帶來沮喪，大乘人也不會期望從苦難中解脫痊癒，他會祈願無論任何的痛苦不幸的遭遇，都能代換眾生所有的苦難，使眾生因此能免於一切痛苦，雖然這個想法並不會消除現有的疾病或痛苦，但卻能消除內心的沮喪，通常人在遭受逆境時，會抱怨發怒，而事實上根本沒有什麼好生氣埋怨的，相反地，我們應以接納的心情，來代替不滿和煩悶，而心中期望眾生都能因此而免除一切痛苦，這就是轉識成智。
此外，我們必須牢記：小乘、大乘和金剛乘是分不開的，這些分別的目的不是要引領修行人走向不同的結果，每個人契合的法門會根據其能力和信心而有所不同的，如果你對佛法仍不夠瞭解，那麼就必須從小乘開始，小乘是基礎，是絕對不容忽視的，佛陀乃是以隨機教化的方式來利益眾生，使每個眾生都能循序漸進的走向開悟之境。
有許多人看不起小乘，認為小乘是粗淺的法門，因此不在乎小乘法門，他們要修最高深的金剛乘，甚至還有人以為修金剛乘能成就另一種不同的佛果，事實上，修行的最究竟成就只有一種，就是成佛。
但為什麼有這樣的修行次第呢？
這是因為每個人根器都不相同，就像這裡有很多人，而每個人的年齡也都不盡相同，有的年輕、有的年老，有些則是中年人，同樣的，根器（或說修行能力）也是從小乘而至大乘循序漸進地發展出來的，這就如同每個人都一定要從出生嬰兒時期開始成長一樣，然而最後的覺悟則必是相同的。修行人對於佛法這種次第階段必須完全明瞭，瞭解了這些基本的道理，那麼無論修行小乘、大乘或金剛乘都會比較容易。
大乘行者修菩提心，行菩薩道，修佈施、持戒、忍辱、精進、禪定、智慧，為眾生帶來喜樂，為眾生承受苦難。大乘的修行人因為明瞭空性的道理，知道三界虛幻，所以他們能無畏無懼，毫不倦怠地利益眾生，他們的菩薩道充滿了喜悅和快樂，他們甚至不羨慕更高的覺悟境界，只願不離眾生，解救眾生，他們早已不將自身福祉放在心上，這就是明瞭空性，發大悲心的菩薩心腸。
接下來談到金剛乘。在金剛乘中，所有的煩惱皆被視為智慧，金剛乘行者將整個輪迴觀想為本尊的壇城，觀一切眾生為本尊，因此，便毫無任何妄念去分別什麼是清淨的，什麼是骯髒的，因為一切事物都已然清淨無暇了，同時也沒有必要去思考什麼是好的，什麼是壞的，因為一切都是美好的，透過這樣的觀想，便能逐漸將五毒煩惱轉化成為智慧。
要產生煩惱，則必須有五大、五蘊和五毒的配合才可。
首先我們來談談五大，我想再強調一次，五大並不只存在於我們體內而已，它們是充滿宇宙之中的，我們只是五大的一部份而已。
根據金剛乘的教法，了悟地大的本質後，地大即是五方佛母之一的「洛卡那佛母」，因此宇宙中的一切地大便不再是不清淨的了；同樣的，了悟水大的本質後，它也不再是平凡的水大了，而是「瑪嘛基佛母」，了悟火大的本質後，火大即是「文達惹．瓦西尼佛母」，了悟風大的本質後，風大亦不再是平常吸進呼出的氣息了，而是「三昧耶佛母」，了悟空大的本質後，空大也不再是平常的空大了，而是「達威須瓦利佛母」，當然我們現在無法真正地瞭解這種道理，但這仍然是一個基本的領悟。
在談到中陰身時，曾提到本尊( 特別是五方佛) 的顯現，我們都以為本尊是由外而來的，但事實上本尊就是我們自己，自身即是諸佛本尊，你之所以會感覺他們是外在的顯現，是因為你有分別相對的心態，譬如分自我和他人、好和壞、大和小……等等，在根本上五方佛即是自身之五蘊，你若能體悟到五蘊之自然清淨的本性的話，五蘊就不再是五蘊，而是五方佛了，就像五大為五方佛母一樣。
五蘊之首為色蘊，色蘊的本質乃為毗盧遮那佛，因此毗盧遮那佛不是外在的，他是自身的色蘊，受蘊的本質是阿闕毘佛，也是我們自身的一部份，同樣的，想蘊的本質是寶生佛，行蘊是阿彌陀佛，識蘊為不空成就佛，因此在中陰身時，諸佛本尊的化現實際上就是自己的化現，二者亳無分別，但如果我們沒有確認那正是自身的本質，而作許多妄想分別的話，那就是愚癡迷惑了。
你可能無法瞭解五方佛如何顯現？你如何能見到他們？為什麼他們就是你自己？這裡有一個很好的例子：就是由你自己來看你自己。你在做夢的時候，看到自己和別人聊天或是在散步等等，但是當你醒來後，才發覺其實並沒有和別人聊天或散步，只是自己對自己說話而已，所以我們在中陰身的境界中，面對諸種景象時，若能洞悉這一切的本質的話，這就是你能解脫的原因了。
在究竟實相中，一切都是清淨的，如果我們明瞭萬物的清淨本性，就沒有什麼需要被清除了，甚至於會帶給個人乃至世界許多苦難不幸的五毒煩惱，事實上都是智慧。
無明是最具威力的「毒」，它能使眾生產生妄想而無法覺悟萬法之清淨實相，但事實上，無明即是五智之一的「法界體性智」，所以沒有什麼所謂的無明，一切就在於我們是不是能了悟其清淨的本性，此乃唯一的關鍵，除此無他。同樣的，嗔恨之毒是十分難以忍受的，但如果我們能體悟嗔的本質，就能明瞭它即是「大圓鏡智」！大圓鏡智是一種無所不知的智慧，就像一面鏡子，一切事物都能在鏡上顯現出來，而不需藉助其它東西來顯現影像，譬如只要你站到鏡子前，你的臉孔馬上就會出現在鏡子裡，大圓鏡智的境界是遍知一切的，它即是嗔的清淨本性。
貪能使眾生墮入餓鬼道，但若能明瞭貪的本質，它便不再是煩惱毒了，而是「平等性智」，有了這種智慧，你便能視一切萬法皆為清淨，超越平凡心識的相對和分別，而到達一種平等無別的境界。執著會使眾生墮入人道，受生、老、病、死、怨憎會、求不得及愛別離等種種痛苦，然而若明瞭了執著的本質，便能了悟它即是「妙觀察智」。而嫉妒之心能使眾生墮入阿修羅道，它的本質卻是「成所作智」，在成所作智之境，你能實現一切眾生願望，提供一切他們所需要的。你也許會奇怪，「我慢」呢？事實上一旦我們產生了智慧，超越了相對分別的心態，就根本沒有所謂「我」了，那來的自大傲慢呢？
在究竟的層次上，五大、五蘊和五毒的本質各為五方佛母、五方佛和五智，這也就是金剛乘的修行觀念，但要如何修持才能達至這樣的境界呢？修行人要注意到，如果心中仍然厭惡輪迴的污穢，而貪戀涅槃的清淨的話，那就仍然不能了解金剛乘的修行，因為金剛乘的修行是要超越相對之心，而我們若視輪迴為污穢、涅槃為清淨的話，就已經產生了相對之心了。
同樣的，如果我們覺得男身本尊比較具威力，而女身本尊比較柔弱的話，那我們也不是遵照金剛乘教法修行的行者，我們只不過是依照著自己的分別妄想在修而已，因為感覺男性強壯、女性柔弱的心態，即是相對分別的心境。
在金剛乘的修行中，任何有形的、形而下的事物，都被視為覺悟之陽性能量，而任何虛幻、形而上的．則被視為覺悟之陰性能量，為了將此兩者形象化，在金剛乘的某些佛像彩繪或塑像中，有時我們可以看到男身本尊與女身本尊作性交結合的雙身相，許多人就很容易因此而誤解它的意義，以為性關係可以導致開悟，然而事實上，如果性交能導致開悟的話，那就所有的眾生早就成佛了，因為眾生不是都一直沈溺在性慾的喜樂當中嗎？但眾生卻從未曾因此而了悟原始本然的佛性，所以千萬不要以為性交就是金剛乘的修行之道，這些雙身本尊的形像乃是開悟之陰陽兩種能量的象徵。
你若能明白這種種道理，就能很正確地修持金剛乘。當你在打坐的時候，你可以觀想無論你身在何處，那裡即是一佛淨土，而自身即是本尊，記住，不要認為這只是自己一廂情願的想法而已，事實上此地非淨土，自己也不是本尊，要知道只要你堅信這兒是淨土，它就是淨土，只要你認定自身即為本尊，你就是本尊，這並不是捏造的妄言，而是符合佛法的真實語，因為藉此你可嘗試著認出你的本來面目！而這正是超越相對分別之執著心境的金剛乘法門。
金剛乘十分高深，威力也十分強大！但我們都是初學者，故應該依照自己的根性來修，修金剛乘，第一步就是要明瞭我們自心究竟的本性，經過上師在自心本性上的引導後，我們便可開始修習金剛乘基礎法門，切記！不要滯留於「主客、自他、好壞」的分別對待中，初學者一定會生起許多的煩惱妄想，但若能適當地運用對治之法，一切就會比較簡單，這有效的對治法就是不要對妄念下辨斷，不要因辨斷它是好的，就貪執，不好的，就壓抑，若煩惱妄念生起，在當下就直觀其本性，不要去作分辨。
這種直觀的能力，即是經由修習「直觀自心」的禪定而來，如果你常修此法，就能明白直觀妄念之本性的意義，當念頭生起，直觀它的本性，不作任何辨斷，念頭會立刻消失，這就是轉識成智之法，就像用手在水面上寫字一樣，當你手離開水面時，字亦立刻消逝了，同樣的，當心中生起煩惱妄念時，如果貪執和壓抑皆離開，煩惱妄念也就消失了，然而畢竟我們都仍有習氣，煩惱妄念隨時都會出現，但應試著去不執著、不拒絕，而直觀它的原來面目。