上下密院的組織與學經
上下密院的組織與學經
作者：索南才讓（許得存）
上下密院是格魯派初創時期建立的專門修習金剛乘法的兩大學院，作為格魯派的最高學府一直受到達賴喇嘛和噶廈地方政府的重視。最初有一系列嚴密的制度，包括學經制度，管理制度和其他各種制度，培養出了一大批品學兼優的高僧。
一、下密院
下密院，藏語名叫“桑欽居紮麥巴”(gsanchen rgyud gra smadpa)，簡稱“居麥紮倉”(rgyud smad gra tshan)，意思是下部地區巨集傳續部密法的學院，相對于後藏的上部密續院藏堆居紮倉（gtsan stod rgyud gratshan)而言。1433年，由宗喀巴的成就弟子喜饒僧格在木鹿寺的基礎上擴建成的，下設擦瓦康村、安多康村、嘉絨康村、色貢康村和珠霍爾康村。實行堪布或軌範師負責制，任期三年。堪布下麵設翁則和強佐、格貴三個職位。翁則的職權是負責誦經、析禱、授課等宗教活動，相當於教務長。堪布不在時，翁則可以代行堪布職權，處理政教事務，任期三年。
強佐，即總管，主管全寺和堪布的經濟收支，任期三至五年。一般由正副四人組成。
格貴，俗稱鐵棒喇嘛，是全寺的執法官，管理寺院各種戒規，處理違法亂紀者，任期一年。
西藏和平解放前，下密院的主要經濟來源於寺屬莊園。據不完全統計，下密院所屬曲谿（莊園）有二十八處，其中卡隆恰巴、那木賽、雅達哇、澎波鄔根、康隆巴、貢廓哇、乃仲夏巴、蔡貢塘、阿古哇、澎波雪、拉木巴、德慶、昂噶哇、賽康、朗日等比較大，分佈在拉薩、林周、達孜、堆隆德慶等地。又說是澎波的周嘉、鄔堅、雪、貢廓；堆隆德慶的德卻、德慶南卓蔡、蔡谿；達孜的蔡嘉頓崗久、那慶孔朗拉；墨竹工卡的南傑林、堆隆齊末隆、堆隆紮西康薩、堆隆宋拉哇和堆隆拉木巴等。實際上，兩種說法只是名字不同，所處地方相同。另外，徵收差役稅、房舍出租稅，誦經費和佈施收入在全部經濟收人中也占一定的比重。寺院還在拉摩、蔡爾賽、澎波、奔頂、甘丹、沙拉曲頂、蔡貢塘等寺院增設密續院，講授密法。
下密院屬於散居學派系統，主供集密本尊像，另有金剛大威德本尊像，法王像，宗喀巴、嘉曹傑、克珠傑師徒三人像等。宗喀巴曾授賜嘉饒僧格的面具、錫杖、繩索、經函等作為寺藏珍品保存。
建立初期，僧人總數不多，清朝政府定額五百人。由於寺院管理嚴格，以苦修為主，影響了僧人人數。原來規定凡是進入下密院學習者，必須是在甘丹、哲蚌、沙拉和其他寺院學完全部顯教課程，獲得相當學位者，其中有拉然巴格西學位獲得者和噶居學位獲得者，禁止佛學理論功底淺薄者入寺修行。凡是擔任堪布者，必須精通生圓二次第教授，並取得成就者。
下密院主要修法，第一，十三尊金剛大威德、四十九尊大威德、大威德八起屍法、紅色閻摩德迦法、黑色閻摩德迦法、金剛大威德圓滿次第四瑜伽；第二，集密五次第教授；第三，佛智足傳規集密四喜或四明點圓滿次第教授；第四，魯俄巴傳規圓滿次第四大瑜伽；第五，金剛鈴傳規勝樂身曼荼羅圓滿五次第教授；第六，時輪圓滿次第六支瑜伽；第七，金剛手大輪圓滿次第四加持法；第八，母續生起次第儀軌、那饒六法。通稱為下密院“圓滿次第八大教授”，和散居學派的“八大教授”基本一致。
十三尊大威德教授是由印度著名學者阿闍黎吉祥持首創的，包括黑閻摩德迦、紅閻摩德迦和金剛大威德。格魯派所說的傳承關係與他派略有不同，十三尊紅閻摩德迦教授傳承從吉祥持傳四代至恰·曲傑貝；恰譯師傳宇浦·堅參格哇；宇浦傳雄·洛追丹巴；雄譯師傳兩代至布頓；布頓傳仁青南傑；仁青南傑之後依次是紮巴堅參、達波·貢噶紮西、班欽桑波紮西、紮西仁青、居巴桑珠嘉措、居巴尊追帕、居巴多傑桑波、居巴桑結嘉措、班禪洛桑確吉堅參。
十三尊黑閻摩德迦法的首傳者為妙吉祥閻摩德迦。由熱·多傑紮傳入西藏，經六代傳到布頓；布頓傳仁青南傑。仁青南傑以後的傳承人依次是紮巴堅參、達波·貢噶紮西、紮西仁青、居欽桑珠嘉措、班欽桑波紮西、班欽那薩哇、嘉木央歐色貢波、班欽德勒尼瑪、貢德夏爾巴·南喀堅參、班禪洛桑確吉堅參等。
格魯派重視十三尊金剛大威德灌頂教授。宗喀巴之後分成兩支傳承，一支是下密院傳承，另一支是溫薩學派傳承。此教授包括生起次第和圓滿次第。生起次第教授重點意修十三尊大威德本尊，它的形象和通常所見的三頭六臂不同。修行儀式，主要講各種儀軌，如擇地儀軌、設壇儀軌、灌頂儀軌、供養儀軌等。修行方法有加行三摩地、曼荼羅勝王三摩地和佛三摩地。
圓滿次第教授涉及金剛誦、上師瑜伽、護輪、脈氣明點、行道次第四瑜伽和現證金剛身的有學無學雙運等六種。
四十九尊金剛大威德教授，由大成就者拉勒達巴闍（遊戲金剛）根據《金剛大威德續七品》創立的，提出了居於無量宮、護輪和寒林中，意觀佛、標幟及執持標幟的本尊金剛，靜心修行本尊和八起屍法。軌范師為弟子傳授灌頂和設立勝修曼荼羅時，不必設立八屍，只需設立左足座，專修本尊。
八起屍法，是在八大寒林（八大屍林）修行而形成的八種特殊法門，始傳於拉勒達巴闍，由不空金剛宏揚光大。格魯派認為，由金剛大威德、智慧空行母、拉勒達巴闍、不空金剛、慧源、蓮花金剛、燃燈佛護、熱·多傑紮、熱·曲饒、熱．益希僧格、熱·本僧格、瓜譯師、絨布·喜饒僧格、貝丹僧格、多傑堅參等人傳承。布頓大師受貝丹僧格和多傑堅參的真傳，在薩迦派中宣講。宗喀巴分別從布頓弟子仁青南傑和薩迦派高僧學得。
紅黑閻摩德迦和金剛大威德的四種瑜伽，指咒瑜伽、三昧耶瑜伽、形相瑜伽和智慧瑜伽。修四瑜伽的目的是要達到身、語、意三寂，證得幻身和勝義光明。
集密五次第教授、四明點教授、大瑜伽教授、勝樂圓滿五次第教授和大輪教授已在散居學派仲介紹過。
下密院所講的六支瑜伽與那饒六法是宗喀巴根據《集密根本續》、《勝樂根本續》和《時輪根本續》講的，吸收了噶舉派和覺囊派的實踐經驗和方法。
由於下密院和散居學派同源，兩寺僧人往來十分頻繁，每遇夏季法會，散·甘丹頗章寺的一部分僧人到下密院作佛事，下密院的部分僧人赴散·甘丹頗章寺參加宗教活動，年長日久成為貫例。可是，隨著下密院地位的日益提高和僧人劇增，兩寺之間的往來中斷，下密院的夏季法會選在堆隆德慶的齊米隆舉行，冬季法會分別在拉薩、桑阿喀爾和甘丹寺舉行，有時在哲蚌寺進行。
按傳統，藏曆二月初一日至十八日晨前，重點講解《集密四家合疏》。之後，在佛殿辯經，與會格西負責拋灑食子。四月，部分高僧去拉摩絳曲覺寺住休一日；在蔡賽住休七日。五月中旬，舉行夏季大樂法會，會期十五天；六月上旬，居蔡貢塘寺辯經；下旬到沙拉寺薩木洛紮倉參加辯經一天，是日居沙拉寺哈爾東康村；翌日全天辯經。後幾個月，堪布由高僧陪同視查各屬寺，舉行小型法會。年底舉行祈願法會，為期一月，法會期間的全部費用由主寺和各屬寺共同支付。
下密院建立以後，培養出了很多品學兼優，在藏區頗有名聲的高僧，如歷任堪布及喜饒嘉波、嘉拉·曲窘嘉措、多麥巴·嘉木央洛追、多麥巴·紮噶爾、丹珍平措、熱振·洛桑頓珠、金巴嘉措、洛追嘉措、阿旺卻丹等。
二、上密院
上密院，藏語叫做“桑欽居紮堆巴”(gsangchen rgyudgrastodpa），簡稱“居堆紮倉”，位於小昭寺內。藏文史籍中有許多和它的名稱相關的傳說故事。1485年拉薩河洪水氾濫，危及拉薩市民，貢噶頓珠知道後從賽哇隆山洞來到拉薩河念經祈禱，洪水下降，免除災難，帕竹地方政權首領將小昭寺賜給他作為修行之所，他以此為基地巨集揚密法。因為，他治水前在拉薩河上游某地修行，故更名小昭寺為上密院。實際上，上密院是相對於下密院而言。創始人貢噶頓珠（1419——1486)是後藏乃娘人，早年在那塘寺出家。跟隨第一世達賴格敦珠學習《釋量論》；從喜饒僧格聽講《集密根本續》和《集密五次第論》。後到拉薩哲蚌寺參謁堪欽貝丹洛追，系統學習中觀、般若、戒律、對法。從哲蚌寺進入下密院，拜喜饒僧格的弟子，第二任軌范師居欽金巴貝為師。金巴貝和紮巴桑波圓寂後，全寺大多數僧人推舉貢噶頓珠為堪布，卻遭到翁則（領誦師）頓雲等少數權勢人物的強烈反對，委任紮西堅參為堪布。1464年，貢噶頓珠攜寺藏文物六臂怙主畫像和內供劫波羅（頭蓋骨），帶領六名弟子隱居今墨竹工卡境內的賽哇隆山洞修行。次年，應邀赴任強巴林寺堪布，歷時十年。1474年，創律居堆紮倉，在極短時間內得到迅速發展。後來，下密院第五任堪布喜饒桑波再次請他去下密院，他婉言謝絕。1485年，他因治理拉薩河水有功，由溫薩·達隆巴把小昭寺劃給上密院。
貢噶頓珠主持上密院十三年，培養出了居巴·拉仁巴、法王耶澤巴和軌范師班丹歐色等一批優秀密法弟子。據載，他臨終前囑咐弟子說：“我死後將我的心臟和舌頭等舍利裝藏新造佛像，頭蓋骨作供器”。他圓寂後，弟子火化遺體，心臟、舌頭等成為舍利，裝藏高約一尺的集密本尊金像，頭髏供於達孜新寺。
1486年，貢噶頓珠在強巴林寺圓寂，由於上密院沒有堪布，中斷講經兩年，直到1488年拉旺仁青（即拉仁巴1446——1516)繼任堪布，總理全院政教事務，恢復了佛事活動。上密院財源茂盛，佛事興旺，人才輩出，受到噶廈政府和其他地方勢力的重視，多次撥款修繕小昭寺，創造幽靜舒適的修行環境。1711年，拉藏汗統治西藏，視上密院為格魯派密宗的最高學府和正宗寺院，頒賜封文執照，小昭寺及其所有財產永遠歸屬上密院。西藏地方政府還免去上下密院的各種雜稅。
上密院接管小昭寺後，把原來的二十五個康村改編為絨巴、木雅、查巴三個大康村和普爾康、安多兩個小康村，為來自四川、後藏、青海、甘肅的僧人提供方便。全寺的機構設置同下密院，實行堪布總負責制，總理全院的政教事務。下設翁則一人，格貴一人，強佐六人。一般堪布、翁則、格貴均由在甘丹、哲蚌、沙拉等寺院獲得拉然巴格西學位的高僧充任，由達賴喇嘛和攝政王任免，強佐則由堪布委任。康村屬於寺院的基層組織，每個康村有自己的負責人或主管，管理康村的宗教事務和經濟收支，定期向上一級負責人彙報。定額五百人。
寺院經濟收人主要來源於寺屬莊園和各種高利貸、差役稅，以及為他人念經做法事活動所得的回向禮物。由於上密院僧人的特殊地位，所收回向禮遠遠高於其他寺院。據不完全統計，上密院所屬莊園有二十九個，它們是嘉仲莊園、耶巴艾貢莊園、窮木達莊園、劄雅崗莊園、窮劄巴莊園、德蔡莊園、崗堆莊園、章噶莊園、嘉勒莊園、喀托巴莊園、加賴莊園、澤卻仲堆莊園、澤居紮卡達莊園、強巴傑仲林莊園、喀爾托巴莊園、喀巴堆莊園、拉頂莊園、孜旺巴莊園、本薩莊園、隆雪強巴林莊園、貢窮哇莊園、藏日努瑪莊園、堆隆莊園、艾協貢瑪莊園、雅達仁青崗莊園、崗嘎莊園、頓堆莊園和雅巴哲莊園等，分佈在山南貢嘎，拉薩的堆隆德慶、曲水、墨竹工卡、達孜、林周和後藏等地區。在阿裏、康區和衛藏地區建有堆達結林、芒康果沃拉聶、康饒丹貢、墨竹達巴貢、衛堆強巴林、伍由紮噶貢和帕裏紮多貢等七大屬寺。
上密院出自下密院系統，同屬一個教法傳承，因此學經內容和下密院相同。堪布和其他高級僧人每年循例去下屬寺院和莊園開展佛事活動，藏曆二月到覺摩隆住休七日；四月到達孜窮木達寺講授《集密四家合疏》；五月先于甘丹寺參加夏季法會，從十五日開始住紮耶巴寺念經修行，按照貢噶頓珠治水之法，誦經祈禱，消除一切災厄。七月在沙拉寺參加辯經七日，住色曼雄巴康村。十一月到甘丹寺參加冬季法會；十二月參加哲蚌寺辯經法會，住達溫康村。
先顯後密是宗喀巴為格魯派僧人規定的學習程式，作為密宗學院的僧人要求相對較高，必須懂得曼荼羅繪製方法、各種儀軌等。所用教材有《集密根本續》、《金剛大威德續》、《喜金剛續》、《勝樂根本續》、《時輪根本略續》及其各種注疏。規定生起次第教授要學九年，獲得格西學位者一年即可，但必須長期聽堪布講解《四家合疏》，有針對性地進行修煉；沒有獲得格西學位者可以延長學習時間。苦修是上下密院的特點，每天要上堂四次，即四座修。尤其對於閉關修煉者要求更加嚴格，進關時間一般定在黃昏時分，出關時間在天明時分。靜修期間嚴禁與外人接觸，食物自備，或由他人從窗口或洞口送入。
除了幾部本續經，還學習宗喀巴的密教著述，以及班欽索南紮巴的《集密生圓二次第》，南喀堅參的《大威德生圓二次第論》，班禪洛桑確吉堅參的《勝樂生起次第論》等。
從上密院培養出來的優秀學者有貢噶頓珠、吉拉康巴·洛追僧格、吉康孜巴·班覺嘉措、擦多爾·洛桑貝巴、阿仁巴·濟仲格敦紮西、班欽索南紮巴、貢德南喀堅參、赤·貢卻群佩、雅隆達結貢巴哇、塘薩·歐珠嘉措、赤欽洛桑達結、阿仁巴·益希格丹、仲巴·格勒嘉措、經師阿裏洛桑索巴等，他們不但學習成績優良，而且著作甚豐，在西藏佛學界有很高的知名度。
三、密宗學院的迅速發展
自甘丹、哲蚌兩寺密宗學院和上下密院、散甘丹頗章寺、溫薩寺完備之後，格魯派的密續院發展非常快，新建的每一座大中型寺院幾乎都設立了密宗學院。十八世紀初，拉藏汗統治西藏時，對沙拉寺進行了大規模的維修，把他自己以前做法事的紮倉安置到沙拉寺的舊大經堂中，請五世班禪制定規章，在修法儀軌方面仿效拉薩下密院，形成了沙拉寺密宗學院。一些小型寺院設密法課，定期講授《集密根本續》、《金剛大威德續》、《勝樂根本續》及其釋論和宗喀巴的《密宗道次第廣論》，形成了以衛藏地區為中心，輻射西部阿裏和東部青川甘等地區的密法傳播網路。
在西部阿裏，包括原屬阿裏管轄的芒域貢塘（今日喀則地區吉隆縣等）地區，由宗喀巴的親教弟子喜饒桑波首建達摩寺，接著他的侄子修建仇色寺，始傳格魯派教法。從此，原建的一批噶當派和其他教派的寺院紛紛改宗格魯派。據第斯桑結嘉措的《格魯派教法史——黃琉璃》統計，阿裏地區寺院中、托林寺、齊嘎爾曲德南傑寺、瑪囊絳曲林寺、多香穆噶爾曲宗寺、毗底爾達索曲德寺、歐噶爾寺、薩貢寺、絳曲林寺、拉果帕裏寺、紮西曲宗寺和朗迦曲德寺等先後開設密教課程，仿效下密院的學經方式和管理方法修習密典；熱木洛和歐羅瑪等寺仿效上密院法規，宣講集密等法。個別寺院興建密續殿，供養本尊像，設立曼荼羅，為修學密法者提供方便。噶丹倫珠寺採用紮什倫布寺密宗學院的學經制度和教材，重點修習大威德和勝樂類法。上下密院和紮什倫布寺定期派高僧前往講經，指導修煉。這些寺院畢業的僧人可以進入上下密院和紮什倫布寺密宗學院深造。
芒域貢塘地區的仇色寺、噶爾夏強巴林寺、普達寺、堆德勒賢林、渾噶爾寺、珠拉寺等屬於上密院系統；紮西曲隆寺、日喀曲德寺、布紮寺、噶丹群佩寺、洛格曲德、哇爾嘉、貝圖等寺院在密法學習上仿效下密院，重視集密類法。桑喀爾曲德、雜尚讓熱、紮西格佩、歐噶曲林、日布噶丹曲林、噶丹曲科、歐噶林、宗嘎噶丹倫布等都是以修密法為主的禪院，定期舉行集密，不動金剛、大威德儀軌，遍修各種儀軌及各類密法，特別重視修煉上師瑜伽、溫薩耳傳教授。
日喀則地區是散居學派和溫薩學派的發源地及傳播中心，喜饒僧格、格敦珠、哇索·曲結堅參等人曾受命于宗喀巴，在這一地區傳講密法，他們在積極新建寺院的同時，深入到其他教派的寺院裏開展講經活動，使一批他派寺院宗奉格魯派。絨格蘭哇索曲德、拉格的溫雜曲德（溫薩寺）、香多日味格佩、香哲蚌、喀覺寺、日超噶丹、達那薩多傑丹、達那鄔堅曲宗、協噶丹曲頂等寺都重視密法，設立密續院。其他一些寺院顯密兼授。
紮什倫布寺是格魯派在後藏的最大寺院，創建者格敦珠為了報答師兄喜饒了曾格之恩，希望建一所密修院作為紀念，專門派弟子都納巴·貝丹桑波和益希孜摩赴拉薩學習密法。由於種種原因，建密宗學院之事被耽擱，直到1609年，由四世班禪阿旺洛桑確吉堅參負責建成，開講集密、大威德、普明大日如來、勝樂等法和三部《黑閻摩德迦續》，常誦六臂怙主、誓願法王、退敵佛母、四面怙主、貝孜兄妹護法、乃色爾等方面的儀軌經咒，定期舉行佛事活動。從此以後，後藏地區的一些寺院紛紛仿效紮什倫布寺密宗學院，開展講修活動。如白居寺（貝科德慶寺）的格魯派佛殿嘉惹拉康、諾爾布噶丹拉康完全是密教道場。昂仁曲德寺是一座歷史悠久，頗負盛名的寺院，宗喀巴曾在這裏參加辯經，以後經歷輩達賴、班禪喇嘛和噶廈地方政府的關心，在寺中修建了十所格魯派紮倉，宗紮什倫布寺，其中的邦域第瓦巾、曲隆洛巴、多本巴、桑珠噶丹、窘本波托紮西崗、窘達夏爾巴、噶丹德林夏爾巴和德貢巴等紮倉都屬於密宗院，由紮什倫布寺密宗學院委派軌範師管理。
格魯派密法在山南地區的傳播時間較早，十四世紀末，十五世紀初期，宗喀巴多次在山南地區參學傳教，以精其寺和強巴林寺為據點潛修密法，開展宗教活動。格魯派創立後，宗喀巴的一批弟子在這裏建寺攝徒，改一些舊寺為密修院，仿效上下密院，開講密法。紮西曲林寺是宗喀巴和南喀堅參的弟子窮結巴·貢波絳曲所建，主傳魯俄巴傳規勝樂教授，龍樹傳規集密五次第教授，十三尊大威德灌頂法，定期舉行藥師佛等修供儀式。
塘波且寺始建於後弘期初期，第一世達賴喇嘛格敦珠曾奉宗喀巴之命，於此寺隨尼瑪堅參貝桑波學習集密、大威德法和《紅閻摩德迦續》等。改宗格魯派以後，這所寺院重視密法，修煉集密和普明、《金剛鬘》等無上瑜伽法。克珠傑的門徒尼赤。洛追貝桑創建的窮結日沃德慶寺是格魯派在山南的大型寺院之一，第二世、五世、七世達賴喇嘛曾多次在這裏講經，擴修了寺院，成為一座比較正規的密教道場，根據《如意寶王》儀軌，按時講授《集密根本續》、《勝樂根本續》、《大威德金剛續》、《喜金剛本續》和《藥師經》，帶動了周圍寺院的密修活動。
在藏東昌都地區分佈著幾十座格魯派寺院，其中以強巴林寺為最，它是由宗喀巴的弟子麥·喜饒桑波修建的。相傳，1373年宗喀巴入藏途經昌都時預言：將來這裏定能興寺弘佛。1473年，喜饒桑波受嘉曹傑派遣創建強巴林寺，開設林堆、林麥、努林、庫秋和嘉惹喀巴五大紮倉，講授顯密教法，著名學者象雄·曲旺紮巴、楚頓·南喀貝、娘堆仲孜哇·貢噶紮西、第三世達賴喇嘛索南嘉措等人曾主持過這所寺院，後來由帕巴拉活佛掌持法位，作為寺主活佛。帕巴拉活佛的弟子在昌都、察雅、八宿及波密等地方建寺攝徒，使強巴林在昌都和林芝地區的屬寺達到一百三十餘座。在密教方面，強巴林寺主弘集密、勝樂、金剛大威德、喜金剛、時輪法等。其他子寺仿效上下密院。由於他們的出色工作，使格魯派在這一地區得到了迅速發展。
吐蕃王朝時期，四川藏區已經有佛教傳入。西元八世紀，赤松德贊統治吐蕃期間，把遍照護流放到大小金川一帶地區巨集傳舊譯密法，影響極大。後弘期初葉，又有彌底班智達和賽尊等人傳講密法，開闢道場。宗派興起後，寧瑪、薩迦、噶舉和覺囊等教派勢力相繼延伸到這裏，建立了一批頗具規模的寺院。十四世紀初，格魯派傳入阿壩地區，宗喀巴弟子查古·阿旺紮巴和絨巴·結格巴（格敦堅參）先後在這裏傳教，把一些苯教寺院改宗格魯派，並新建了一批寺院，開展宗教活動。隨著格魯派統治地位的確立，其他教派越來越多的寺院改奉格魯派，使格魯派寺院約占當地寺院總數的百分之五十以上。例如，金川縣南部的金川寺（雍仲拉頂寺）原宗苯教，清朝時期被迫改奉格魯派，賜名廣法寺，乾隆皇帝賜書“正教恒宣”禦匾，從北京雍和宮派出堪布主持寺務，更選十三任後，由拉薩三大寺每三年輪流派出。這所寺院有密宗院，按照上下密院做法，主講集密、大威德、勝樂等類法，參修僧人逐年增多，獲得成就者不少。小金川的八角喇嘛寺（初名索南僧格紮西曲林，後更名達結林）也是一座規模宏偉的寺院，始建於1780年，顯密兼授。
在四川甘孜藏區，最早由宗喀巴的嫡傳弟子桑結貝桑、噶宇哇·仁青巴、噶居南喀桑波和江瑪爾等人分別修建了吉覺賢珠達結德慶、宗拉、帕爾哇仁青崗、蔡木貢等寺。繼後又有哲蚌寺創建者紮西貝丹的嫡傳弟子紮西僧格和下密院僧人頓珠紮西分別建造噶浦寺和拉托寺，仿效下密院，主傳集密類法。
理塘寺，又譯長青春科爾寺（彌勒法輪寺），是在苯教寺廟邦根寺的基礎上發展起來的一所格魯派寺院，明朝萬曆年間，第三世達賴喇嘛索南嘉措前往青海傳教返藏途經理塘時，將其改宗格魯派，更改名稱，成為格魯派在康區的第一座大寺。該寺設有密宗學院，舉行各種儀式，傳講《集密根本續》和《集密四家合疏》等，屬於下密院系統。喇絨密宗院是由喜饒多傑修建的，屬下密院系統，除了主講《集密根本續》和《集密四家合疏》外，兼修其他密典。另外，擦瓦佐崗桑阿林和邦達桑阿德慶寺也是密教道場，宗屬下密院。
著名的甘孜紮西達結諾布林寺（簡稱甘孜寺）是1662年由霍爾法王阿旺平措創建的，被稱為霍爾十三大寺之一。內設法相學院、南傑紮倉和密宗學院。其中的密宗學院是由阿旺平措親自建造的，最初他從下密院帶來幾名僧人講授勝樂、集密、金剛大威德法，定期舉行護法酬補法會，⑴參加修行的僧人很多。
噶丹松贊林寺是雲南迪慶藏區的第一所格魯派寺院。1679年和碩特部蒙古兵抵建塘，隨來的四十名格魯派僧人念經誦咒，攝徒修法，修建了這所寺院，不久改宗了當地一批噶舉派寺院。從此以緣起性空為理論，以實修生圓二次第教授為主的格魯派教法在雲南藏區紮根，並逐漸發揚光大。
青海是宗喀巴的故鄉，格魯派創立初期，大慈法王釋迦益希進京途經青海，停留今民和縣，還藏時在這裏建弘化寺。後來，宗喀巴的又一位弟子香喇嘛帶著宗喀巴的畫像和一些遺物回青海建喀的喀寺，傳講格魯派教法。1402年，宗喀巴的弟子在今循化建貢欽紮西曲科林寺。三世達賴索南嘉措在青海會晤俺答汗期間新建了仰華寺，擴建塔爾寺，將隆務寺、瞿曇寺改宗格魯派。四世達賴進藏時，又建佑寧寺等。塔爾寺、佑寧寺、廣惠寺、東科爾寺、隆務寺、夏瓊寺、卻藏寺、同德的石藏寺、拉毛德慶寺、拉加寺等大型寺院都設有密宗學院，創建者多為留學西藏的高僧，前後在哲蚌、沙拉和上下密院學法，精通顯密教法，建寺過程中得到了達賴和班禪的關心。這些密宗學院所學的密典都是上下密院的通用教材。
明朝中後期，隨著第三世達賴喇嘛索南嘉措的東行傳教，格魯派教法傳入甘肅藏區，很多原建寺院紛紛改宗，格魯派一躍佔據統治地位。1459年，欽隆布從西藏學成歸來，改卓尼寺為格魯派寺院；1729年，阿旺程勒建居巴紮倉（密宗學院），開設八個班級，生起次第設四個班，圓滿次第設兩個班，“主要學習密宗基本知識及聲韻、繪製彩粉壇城方法等，三年後考試，合格者可升入上下“知尕”班學習”。⑵學完八個班級的全部課程，通過考試授予“俄仁巴”學位。天堂寺曾奉薩迦和噶舉派，後來改宗格魯派，設顯密兩大學院，“尤重密宗，並以無上瑜伽密為最高修行次第”。
在新建寺院中，夏河拉蔔楞寺規模最宏偉，被稱為格魯派在藏區的六大寺院之一，其創建人是五世達賴喇嘛的弟子第一世嘉木央活佛。初建時設聞思學院和續部下院，第二世嘉木央活佛時期，增設時輪學院，1878年建成喜金剛學院；1941年，又建續部上院。續部下院設三個班級，初級班學修生起次第法，中級班學習各種儀軌，高級班修煉生圓二次第法，每年農曆二月通過密宗答辯，取得俄仁巴學位。續部上院是按照拉薩上密院修建的，班級和所學經典都與上院相同。喜金剛和時輪兩大學院也屬密宗系統，喜金剛學院主要學修以《喜金剛根本續》為主的喜金剛類法，分三個班級，分別學習經典背誦、各種儀軌和禪坐靜修。時輪學院主修時輪類密法，包括《時輪根本略續》、《時輪根本續無垢廣疏》及其時輪曆算等。
1760年，由第二世嘉木央活佛主持建造的噶丹曲科林（阿木卻乎寺）設密宗學院。1748年，由第五十三任甘丹赤巴薩木察堅參僧格所建的噶丹賢珠貝噶卓巴林（朗木寺）設喜金剛和時輪學院。其他如噶丹紮西桑珠林、葉爾巴貢桑珠林和妙因寺等也設有密宗學院。
⑴ 護法酬補，亦稱酬補護法。護法，即護法神。藏傳佛教許多寺院每年舉行盛大法會，用一種特製的食品供養護法神，誦經祈禱，故名。
⑵《甘肅藏傳佛教寺院》，蒲文成主編，青海人民出版社，1990年，第532頁。