本尊為黑藍色，具有三頭，每頭各有三目。白色右頭表文殊菩薩之忿怒相大威德金剛，為諸佛身的代表。紅色左頭代表阿彌陀佛（或觀音菩薩）之忿怒相馬頭明王，為諸佛語的代表。中間藍色表大勢至菩薩之忿怒相一金剛手，為諸佛意的代表。
大藏精密續云 : 普巴金剛是寧瑪巴不共的本尊 , 一切諸佛菩薩事業化現的總集體，我們要消除世間和出世間的障礙，不能缺少的唯一本尊即是普巴金剛，這是特別的除障回遮大法，共分為寂靜 ˋ忿怒兩步驟，旨以同一朵瑪修回遮大法。
普巴金剛且為證悟事業的化身，能行無染污之清淨行，普巴金剛法特別能除一切的障礙。普巴金剛除障法之殊勝利益有遮止邪師惡咒與詛咒、大小魔障、地震水風火災、惡世亂相之顯現、疾病瘟疫之漫延‧‧等。


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